Cykl witraży sanktuarium tworzy opowieść o życiu i duchowości św. Jana Pawła II — od dzieciństwa w Wadowicach, przez młodzieńcze lata i powołanie kapłańskie, aż po pontyfikat i starość przeżywaną na oczach świata, która była swego rodzaju rekolekcjami dla całego Kościoła.
Wśród witraży szczególne miejsce zajmuje przedstawienie Jezusa Miłosiernego z napisem „Jezu, ufam Tobie" — obraz, którego rozpowszechnienie na cały świat było jednym z wielkich dzieł pontyfikatu. Obok niego przedstawiliśmy postać św. Faustyny Kowalskiej, apostołki Bożego Miłosierdzia, kanonizowanej przez Jana Pawła II w Roku Jubileuszowym 2000 oraz bł. Michała Sopoćko, spowiednika siostry Faustyny.
